Unter den europäischen Kunstsammlungen gehören die preußischen Schlösser zu denen, die am stärksten von Kriegsverlusten betroffen sind.
Die Verluste entstanden zum einen durch Luftangriffe oder Kämpfe während des Zweiten Weltkrieges, zum anderen durch den Abtransport von Kunstschätzen nach dem Ende des Krieges. Diese ins Ausland verbrachten Kunstwerke werden umgangssprachlich als "Beutekunst" bezeichnet.
Opfer von Bomben und Kampfhandlungen wurden meist immobile Kunstwerke wie die Schlösser und die mit ihnen verbundenen Raumschöpfungen und Skulpturen. Betroffen waren vor allem Werke von Schlüter, Eosander, Knobelsdorff, Nahl, den Gebrüdern Hoppenhaupt, Gontard, Erdmannsdorff, Langhans und Schinkel sowie die Schlösser Berlin, Monbijou, Potsdam, Schwedt und große Teile des Schlosses Charlottenburg. Die stark beschädigten, aber rekonstruierbaren Schlösser von Berlin und Potsdam wurden später unter der DDR-Regierung gesprengt.
Das bewegliche Kunstgut konnte meist rechtzeitig evakuiert werden, obwohl es auch hier zum Teil zu Verlusten durch Zerstörung kam. Dazu gehören unter anderem die Sammlung Brandenburgischer Gläser des Hohenzollernmuseums, die Arp-Schnitger-Orgel aus der Schlosskapelle von Charlottenburg (durch den Angriff auf das Schloss am 3. Februar 1945) sowie die kunsthistorische Bibliothek und die Fotosammlung der Schlösserverwaltung (durch den Angriff auf das Potsdamer Schloss am 14. April 1945).
Insgesamt jedoch blieben die umfangreichen Kunstsammlungen, die zur Ausstattung der Schlösser gehörten, durch die mehrfach vorgenommenen Auslagerungen im Wesentlichen bis Kriegsende unversehrt. Eine Auswahl besonders wertvoller Kunstgegenstände war z. B. im März 1945 in das Salzbergwerk Bernterode bei Leinefelde (Thüringen) überführt wurden. Hier bargen schon kurze Zeit später Soldaten der amerikanischen Armee die Kunstwerke und brachten sie anschließend nach Wiesbaden in den "Central Art Collecting Point" der US-Streitkräfte.
Unter der sowjetischen Militäradministration aber wurden zehntausende Kunstwerke aus den preußischen Schlössern in die Sowjetunion gebracht. Bei der zweiten großen Rückgabeaktion der UdSSR 1957/58, die viele Museen der DDR betraf (1955 war lediglich die Dresdner Galerie zurückgekehrt), kamen auch jeweils einige hundert Gemälde, Möbel, Porzellane und andere Objekte der angewandten Kunst sowie einige Skulpturen und Grafiken zurück.
Noch immer jedoch werden zehntausende Kunstwerke in den Schlössern der Stiftung preußische Schlösser und Gärten Berlin-Brandenburg (SPSG) vermisst:
- mehr als 3000 Ölgemälde, darunter Meisterwerke von Rubens, van Dyck, der italienischen und französischen Barockmalerei sowie der deutschen Malerei des 18. und 19. Jahrhunderts
- etwa 1100 Skulpturen, darunter Werke von Schlüter, Houdon, Schadow und Rauch
- tausende von Porzellanen, darunter rund 3.000 Objekte aus der Porzellankammer und der Porzellanküche des Schlosses Charlottenburg
- Möbel, vor allem aus den Schlössern Sanssouci, Neues Palais, Babelsberg und Charlottenburg, sowie aus den zerstörten Schlössern Potsdam und Monbijou
- 80.000 Bände der ehemals Königlichen Hausbibliothek (Schlossbibliothek), darunter die Bibliotheken preußischer Könige und der Königin Luise
- mehrere Tausend Graphiken
Viele dieser Kunstwerke sind speziell für die jeweiligen Schlösser geschaffen oder bilden mit diesen eine über Jahrhunderte "organisch gewachsene Einheit". Damit sind sie unverzichtbarer Bestandteil der meist als Gesamtkunstwerk konzipierten Räume und verlieren, aus diesem Zusammenhang herausgelöst, ihre Authentizität und historische Aussagekraft.
Besonders problematisch für die Forschung ist auch der Verlust wichtiger historischer Inventare des 17., 18. und 19. Jahrhunderts, von Aktenkonvoluten zur Baugeschichte der Schlösser, die ebenfalls niemand anderem als der Stiftung von Nutzen sein können.
